L’any 1059 apareix la primera referència documentada de l’existència d’un hospital a la Seu d’Urgell formant part d’un conjunt de construccions a l’entorn de la catedral.

Al s. XIII es troben indicis de l’existència de dos hospitals a la Seu, l’Hospital de pobres, gestionat per homes de l’esglèsia i l’Hospital dels prohoms, que era gestionat i finançat per la classe burgesa. Amb el temps va passar a anomenar-se de la vila.

A partir del s. XV es poden conèixer millor les interioritats de l'hospital gràcies als llibres d'actes del consolat (antic règim municipal), ja que l'hospital de la vila seguia un model mixt de gestió i era dirigit entre el capítol de canonges i els cònsols de la ciutat. A  mitjan s.XV, per problemes d’espai, es va començar la construcció d'un altre hospital, al costat de l'església de Santa Eulàlia.  Fins aleshores els representants de la ciutat celebraven els seus consells al claustre de la Catedral.

El nou hospital ocupava una planta de l’edifici de la Casa de la Ciutat. Les dues institucions van coexistir fins al s. XVIII. A l'inici de la construcció del nou hospital es nomenaren uns procuradors amb la missió de recaptar diners. L'hospital es finançava a través dels censals, instruments de crèdit dissimulats, de caràcter hipotecari, que servien per evitar el préstec usurer. Una altra via de finançament era la caritat pública. L'Ajuntament nomenava un baciner que, amb el permís eclesiàstic corresponent, captava davant de la catedral per eixugar el dèficit crònic de l'hospital. I la tercera via era la de les deixes testamentàries.

La nit de carnestoltes de l’any 1561 l’hospital va patir un incendi de grans proporcions. Un any després tornava a funcionar a ple rendiment. A finals del s.XVI la Seu es va convertir en una plaça forta, això va suposar l’afluència massiva de soldats.

A mitjan s. XVIII els militars ordenaren el desallotjament de l’hospital.   Els malalts civils es van traslladar a l'edifici on fins aleshores hi havia la Casa dels Infants Orfes.  A finals d'aquest segle es varen fer obres importants a l'hospital vell (una planta a la Casa de la Ciutat) i en un hospital nou que, acabada la Guerra del Francès i sense la presència massiva de soldats, es va tancar. A la Seu va haver hospital militar fins s. XIX.

Actes de celebració del 150è aniversari de l'arribada de la Mare Anna Maria Janer a la Seu d'Urgell

Finalment, es va demanar a la reina Isabel II la cessió de l'edifici del Convent de Sant Agustí per a convertir-lo en hospital i es va proposar que les infermeres fossin monges professes.  Així fou com, a mitjans del s. XIX, va arribar la Mare Anna Ma Janer a la Seu. Després de vuit segles de constant mobilitat en el seu emplaçament, l'hospital troba la seva actual i definitiva ubicació.

A finals del s.XX i impulsat per la celebració dels Jocs Olímpics de Barcelona, l'hospital viu una nova transformació que l'adequa a les necessitats d'aquell moment.

A principis del s.XXI es planifica i es du a terme  la darrera transformació, amb una important inversió tecnològica, que el du fins el seu estat actual.